木质纤维素降解真菌可向胞外分泌大量降解酶系来进行生物质的降解，这一属性使其可以被用于工业纤维素酶和生物基化学品生产的细胞工厂。由于纤维素降解调控涉及许多途径，其调控机制尚未被清晰阐释，极大限制了理性构建微生物炼制细胞工厂。深入解析丝状真菌纤维素降解调控机制，提高纤维素降解效率，是构建丝状真菌生物炼制通用底盘、工业蛋白质和生物基化学品细胞工厂研发的重要基础。

近日，中国科学院天津工业生物技术研究所研究员田朝光带领的微生物功能基因组研究团队以经典的模式真菌——粗糙脉孢菌和工业真菌——嗜热毁丝霉为研究对象，对Zn(II)2Cys6转录因子CLR-4调控纤维素降解机制进行了深入研究。研究结果表明，CLR-4参与调控细胞生物量合成、纤维素酶产酶水平和酶活力，而且CLR-4在丝状真菌中的功能是保守的。研究团队系统探讨了粗糙脉孢菌NcCLR-4和嗜热毁丝霉MtCLR-4调控网络，证实CLR-4的缺失显著影响cAMP信号途径传导，而且这一信号调控对纤维素和半纤维素都能相应。随后，研究团队还通过DNase I足迹分析实验成功鉴定出CLR4顺式调控元件（cis-element）（见图）。综上所述，该研究从分子水平系统解析了全新纤维素酶转录调控因子CLR-4基因功能，有助于对丝状真菌木质素降解途径的认识，为纤维素酶高产菌的进一步改造提升提供了新思路。

该研究得到国家自然科学基金等科技计划资助，研究成果已申请中国专利，相关成果发表在微生物领域国际期刊Molecular Microbiology。天津工生所副研究员刘倩、李金根和天津科大联合培养研究生高冉冉为论文并列第一作者，田朝光为论文通讯作者。

相关研究进展：

实现纤维小体原位关键酶的纯化及解析

纤维小体是细菌分泌的高效降解木质纤维素的多酶复合体，其高效降解机制及产纤维小体细菌的遗传改造是木质纤维素降解利用研究中的重要方向之一。热纤梭菌的Cel48S是其纤维小体的主要外切葡聚糖酶，是其纤维小体中含量最高的组分，在纤维素降解过程中起关键作用。但Cel48S的内在性质使得对Cel48S的纯化存在很大困难，文献中对该酶的性质鉴定报道存在诸多相互矛盾之处，与该酶在纤维小体中的重要作用并不相符，这使人们难以深入揭示纤维小体的高效降解机制。中国科学院青岛生物能源与过程研究所代谢物组学团队研究员崔球与冯银刚、副研究员刘亚君等，基于前期开发的热纤梭菌遗传改造工具，通过对纤维小体的定向改造，实现了对其原位Cel48S催化结构域的高效纯化，从而成功的对Cel48S的酶学与结构性质进行系统解析，揭示Cel48S在纤维小体中的真正作用。相关成果在线发表在Biotechnology for Biofuels上。

木质纤维素水解糖化是实现木质纤维素生物质的高值利用的第一步，也是国内外的研究热点。为了打破国外酶制剂技术垄断、突破糖化技术瓶颈，代谢物组学团队致力于开发基于热纤梭菌纤维小体的新型整合生物糖化技术路线。在这一路线框架下，需要通过对纤维小体这一多酶复合体的机制解析以及定向改良从而获得高效的全菌催化剂。为此，代谢物组学团队针对梭菌系统地开发了非模式微生物基因操作工具，在热纤梭菌中实现快速、准确的基因敲除、过表达和精准编辑，完成对热线梭菌纤维小体脚架蛋白的功能贡献、解除纤维小体反馈抑制的定向改造等系列工作。同时，团队建立了成熟的X射线晶体学和生物大分子核磁共振等蛋白质结构解析平台，完成多个纤维小体组分和工业酶催化机制的研究。在完善的遗传操作平台和蛋白质结构解析平台的基础之上，研究人员对纤维小体关键组分Cel48S进行更系统深入的研究。

作为热纤梭菌纤维小体中含量最高的的关键酶组分，Cel48S的酶学性质及结构特点受到广泛关注。团队前期通过核磁共振方法修正了文献中关于Cel48S的组装模块的结构，对纤维小体的组装方式有了新认识。对于Cel48S的催化模块，由于难于异源表达，与纤维小体结合紧密难以从原位分离，文献中对其性质的报道相互矛盾，该酶在纤维小体中的真正作用并未得到有效阐明。为了解决这一问题，研究人员使用前期建立的热纤梭菌精准遗传操作工具，通过在Cel48S的催化结构域后面插入编码组氨酸标签和终止密码子的序列，实现了将Cel48S的催化结构域从纤维小体中分离并从培养物上清中的一步直接纯化。在此基础上，通过酶学测定和蛋白质结构分析，确定天然Cel48S的高活性、结晶纤维素的底物偏好以及底物偶联的诱导契合效应，阐明纤维小体关键组分Cel48S的结构功能特性。同时，该研究提供了基于精准遗传操作实现分离纯化原位的纤维小体或其他分泌蛋白的方法，为进一步研究纤维小体木质纤维素降解机制及构建木质纤维素糖化的定向改良菌株提供了范例和基础。

相关系列研究得到了国家科技支撑计划、国家自然科学基金委员会以及山东省糖产业科学技术重点实验室联盟建设任务的资助。

文章来源： 青岛生物能源与过程研究所/天津工业生物技术研究所